اشتكى العديد من الطلاب من مشكلات صادفتهم خلال تقديم امتحانات القبول الجامعي، حيث كان الازدحام والارتباك التنظيمي، هما المسيطران على المشهد في القاعات التي لم تتَّسع معظمها للطلاب، وذلك بعد أن تاه العديد من المتقدمين للامتحان عن قاعاتهم، بسبب تغيير قاعات الطلاب على موقع المفاضلة. ولكن وزارة التعليم، عملت على تدارك هذه المشاكل،

من خلال مجموعة إجراءات، تمثَّلت في السماح لجميع الطلاب المسجِّلين في الاختبارات بالدخول إلى القاعات الامتحانية عند الضرورة، سواء كان هناك خطأ في البطاقة المعطاة للطلاب أم لم يكن، وكذلك زيادة مدة الامتحان بعد أن كانت المدة المقرَّرة بحسب طبيعة الأسئلة ساعة واحدة، إلا أنَّ مدة الامتحان كانت ساعة ونصف؛ أي بزيادة نصف ساعة لجميع الحالات الطارئة في بداية الامتحان، ولتقديم معلومات إرشادية للطلاب، علماً بأنَّ هذه المعلومات موجودة على بطاقة التسجيل التي حصل عليها الطالب مسبقاً، ويفترض أنه اطَّلع عليها وتدرَّب على آلية الاختبارات المؤتمتة.
وعن حالات الغش التي أشارت إليها بعض الصحف، بيَّنت الوزارة أنَّ الجامعات قامت بواجبها باتخاذ الإجراءات المناسبة دون أن تبلغ الوزارة بآيِّ شيء حول هذا الموضوع.
أما بخصوص مسابقتي العمارة والإعلام، اللتين اشتكى بعضهم من كونهما تقريباً في وقت واحد بحسب الإعلان، وأنه على الطالب أن يختار إحدى هاتين المسابقتين، فبيَّنت الوزارة أنَّ الواقع المنطقي والعلمي لا يجمع بين الرغبة في الهندسة المعمارية بمتطلباتها المهارية والموهبة، وبين موهبة الإعلام ومتطلباته المهارية والعلمية.. وكان د. علي أبو زيد، معاون وزير التعليم العالي، قد صرَّح في اجتماع وُجدت فيه جريدة «بلدنا»، بأنَّ نسبة الطلاب الذين يجمعون بين رغبة الإعلام والعمارة قليلة جداً، ولاتكاد تذكر، وأنه بناءً على ذلك، فإنَّ وزارة التعليم العالي اختارت المصلحة العامة التي تقتضي التوحيد بين وقت المسابقتين. والجدير بالذكر أنه تمَّ إصدار دليل الطالب للقبول الجامعي لكافة أنواع المفاضلات للعام الدراسي 2010-1011، ويتضمَّن الدليل إرشادات وملاحظات مهمة للطلاب، للاشتراك في المفاضلة والإجراءات والوثائق المطلوبة للتقدُّم للمفاضلة، وقائمة بأسماء الكليات والأقسام المفتتحة في الجامعات الحكومية وفروعها لغاية العام الدراسي 2010-2011، ومراكز التسجيل الالكترونية المعتمدة لمفاضلة القبول الجامعي للعام الدراسي 2010- 2011.